Я понял в чём суть Вашей проблемы: объектные классы apple-user и apple-group из apple.schema используют атрибуты, которые в "современной" samba.schema помечены как "Исторические" и закомментированы. В связи с этим, а также с тем обстоятельством, что у Вас на сервере уже есть "современный" вариант схемы samba, предлагаю его не курочить, а сделать некий промежуточный shema-файл со всеми недостающими для apple.schema атрибутами и классами и использовать его.
Я тут собрал по сусекам интернета все атрибуты и классы, без которых apple.schema не конвертировалась (см. вложения). Его нужно добавить ПЕРЕД apple.ldif (или apple.schema, соответственно). "Современная" samba-схема тоже должна быть ПЕРЕД apple-схемой.
Егор